男性不育的原因多种多样，而社会环境和生活习惯的变化更是占了主要部分，面对当前男性的生殖力下降的趋势专家表示快餐食物、驾车、交通污染、笔记本电脑、手机、咖啡、抽烟、海鲜等因素是导致当代男性生殖能力下降的主要原因。
    在众多的不孕不育病例中，不明原因不育症的病人占不育症病人的15%～20%，说其不明原因是因为此类不育症患者各项常规或特殊检查结果均在正常范围，精子数目、活率在正常范围，却无法怀孕，所以临床上把此类不育症归于不明原因不孕的范围，但不怀孕肯定会有这样那样的原因，只是目前不孕症的检查项目仍存在缺陷、盲点，还有许多引起不孕症的未知原因尚未发现或有些与不育相关的因素不能在临床广泛应用。如精液分析结果正常，但精子的受精能力、酶学的改变、一些微量元素、细胞因子等对精子内在质量的影响还存在许多认识上的不足。例如，精子与卵子的质量有轻微的异常、精卵结合或受精有困难、或受精卵的着床障碍，这些都是目前的常规检查所无法评估的，至少是在人体内仍无法检测到的。故常规不孕不育的检查正常并不能说明生育能力完全正常，之所以不孕肯定存在着影响受孕的病因，只是目前尚无明确的定论。也有部分患者，因心理负担过重，影响了卵巢功能，一旦解除了心理压力，很快就会怀孕。暂时考虑为不明原因不育症的患者，不要失去信心，要与医生密切配合，医生会选择适当的治疗方案为你们创造最佳的怀孕机会。有观察显示，不明原因不育症若不治疗，其三年累积怀孕率约为46%，所以说，不明原因不孕症的患者一定要树立信心。
在众多男性不育症患者中，先天性问题导致的不育症患者治疗相对麻烦，主要有以下几种病症：
    XX男性综合征（XXmales）：染色体组型为46，XX，但内外生殖器为男性，至青春期呈现稍差的男性第二性征。其临床表现、病理所见及内分泌检查都类似于Klinefelter综合征。
    无睾丸症（Anorchia）：细胞核型为正常男性型，46，XY，内外生殖器官皆为男性，但先天性无睾丸，致使到青春期还不能呈现性成熟的种种表现。第二性征为幼稚型，阴茎短小，呈现阳痿和不育等。血中率酮低、促性腺激素含量高，为典型的原发性单丸功能障碍。
　Rosewater氏综合征：亦称家族型性腺功能低下女性化乳房症。患者在青春期即出现乳房发育，乳房活俭可见腺泡及导管增生，类无睾症体型，无明显男性第二性征，性欲低下，多数育，阴茎及前列腺均小，睾丸大小接近正常。睾丸活俭可见曲细精管中生精细胞发育停滞，间质细胞数目减少。血浆军酮含量降低，尿雌激素排出量增加，促性腺激素排出量减少。
    Kallmann氏综合征：即家族性嗅神经一性发育不全综合征。主要表现为单丸发育不全，特别是在青春期不出现第二性征。睾丸小、阴茎如幼童，类似无单症。先天性嗅觉减退或缺失，部分患者脑部病检发现嗅叶缺损或发育不全。还可出现其他先天性异常，如隐睾、唇裂、腭裂、色盲、神经性耳聋、先天性肾异常。实验室检查可见血中促性腺激素LH和FSH均低下，睾酮含量明显低于正常，尿中17酮类固醇亦减少。精液中无精子或无精液。睾丸活检，曲细精管呈未成熟型，口径小，生精细胞数明显减少，支持细胞数相对增多，无精子形成。睾丸间质中间质细胞减少或无间质细胞，垂体分泌的其他激素均正常。
    其他遗传性疾病引起的不育症，也应予以注意。这些病人大多有近亲结婚史，或是居住在偏僻的山村和水质恶劣的地区，常有家族病史等，需要认真调查，及时发现和治疗。